菏泽软件开发在网格基层社会治理中可能存在以下一些问题：

技术人才短缺：缺乏足够的高素质软件开发人才，可能导致软件更新迭代不及时、功能不完善等。

数据兼容性与整合困难：不同系统和软件之间可能存在数据格式不统一、难以有效整合的情况，影响信息共享和协同治理。

资金投入有限：软件开发和维护需要持续的资金支持，资金不足可能限制软件的优化升级和新功能开发。

用户体验欠佳：部分软件可能界面不够友好、操作不够便捷，导致网格员或居民使用积极性不高。

安全与隐私风险：数据安全防护措施可能不够完善，存在数据泄露或被恶意攻击的隐患，同时居民隐私保护也面临挑战。

软件适应性不足：可能不能很好地适应菏泽当地复杂多样的基层社会情况和特殊需求。

缺乏统一规划：软件开发可能存在各自为政的情况，缺乏全市层面的统一规划和协调，造成资源浪费和效率低下。

培训与推广不足：对相关人员的软件使用培训不够，以及在居民中的推广力度不够，影响软件的广泛应用。