济宁市软件产业发展可能存在以下主要问题：

产业规模较小：与发达地区相比，济宁市软件产业的总体规模较小，企业数量相对较少，产业集聚效应不明显。

人才短缺：软件产业对高素质人才的需求较大，但济宁市在软件人才的培养和引进方面可能存在不足，导致人才短缺问题。

技术创新能力不足：软件产业是一个技术密集型产业，济宁市的软件企业可能在技术创新方面相对较弱，缺乏核心技术和自主知识产权。

市场竞争力不强：由于产业规模较小、技术水平不高，济宁市的软件产品在市场上的竞争力可能较弱，市场份额有限。

资金投入不足：软件产业的发展需要大量的资金支持，包括研发投入、市场推广等。济宁市可能在软件产业的资金投入方面相对不足。

产业协同发展不够：软件产业与其他相关产业的协同发展不够紧密，未能充分发挥软件产业对其他产业的支撑和带动作用。

政策支持有待加强：政府在软件产业发展方面的政策支持力度可能不够，需要进一步优化政策环境，加大对软件企业的扶持力度。

针对以上问题，可以采取以下措施加以解决：

加大招商引资力度，吸引更多的软件企业入驻，扩大产业规模。

加强与高校、科研机构的合作，建立人才培养基地，引进和培养高素质人才。

鼓励企业加大研发投入，提高技术创新能力，加强知识产权保护。

加强市场推广，提高软件产品的知名度和市场占有率。

加大资金投入，设立软件产业发展专项资金，引导社会资本投入。

加强与其他产业的协同发展，推动软件产业与制造业、服务业等深度融合。

优化政策环境，制定和完善相关政策措施，加大对软件产业的扶持力度。

需要注意的是，以上问题和措施仅为一般性分析，实际情况可能因地区、企业等因素而有所不同。济宁市应根据自身的实际情况，进行深入调研和分析，制定切实可行的发展策略，推动软件产业的快速发展。